劇情介紹
故事主角是天才高中偵探工藤新一，他在某次與青梅竹馬毛利蘭外出時，意外目擊神秘黑衣組織進行非法交易，卻被他們發現並灌下毒藥。本該致命的藥物卻讓他身體縮小成小學生模樣。為了不讓敵人發現自己還活著，他化名為「江戶川柯南」，寄住在小蘭家中，並以協助她的父親、三流偵探毛利小五郎破案的方式，一邊繼續解決各式各樣的案件，一邊暗中追查黑衣組織的真相，希望找出解藥，恢復原本的身體。
在遊樂園的雲霄飛車發生的殺人案件中，柯南化身精明小學生，用麻醉手錶麻醉醉酒的小五郎，並推理出兇手身份，成功揪出真凶，揭開柯南偵探身份的序幕 。
隨後出現多個讓粉絲熟悉的案件：董事長千金綁架、偶像密室殺人、情人節殺人事件（首次揭露柯南與小蘭間的水下“初吻”戲碼）、鋼琴奏鳴曲殺人案、山莊白絕面怪人等，這些案件同時構建出少年偵探團、鈴木園子、小蘭成長與刑事角色等重要關係。
自第30集左右起，劇情揭露黑衣組織的存在與嚴重性，他們是一個跨國犯罪集團，代號如琴酒、伏特加、苦艾酒等，而工藤新一縮小成柯南的真正原因開始浮出，成為劇情主線之一。
劇情每集多為單元案件，有密室殺人、連續殺人、綁架、爆炸等推理題材。柯南雖然變小，但憑藉智慧與發明（如麻醉手錶、變聲領結等），仍能「借助」小五郎的名義破案。此外，隨著故事進展，也陸續加入如少年偵探團、灰原哀、FBI、赤井秀一、安室透等角色，以及與黑衣組織間更深層的鬥爭與陰謀。